Papenburg ist gegliedert in sieben Stadtteile. Seit der Gemeindereform 1973 sind die frühere Stadt Aschendorf (1) sowie die Gemeinden Herbrum (2), Tunxdorf (3), Nenndorf (4) und Bokel (5) der Stadt Papenburg angegliedert, deren Kernstadt in Untenende (6) und Obenende (7) unterteilt ist. Aschendorf: Die frühere Stadt Aschendorf ist einer der ältesten Orte in Niedersachsen. Herbrum: Herbrum wird hauptsächlich landwirtschaftlich genutzt und liegt an der Ems. Tunxdorf: Tunxdorf liegt in einer Flussschlinge der Ems. Nenndorf: Nenndorf liegt nah an der Natur zwischen Tunxdorf und Bokel. Bokel: Bokel wächst als Wohngebiet, dient aber vor allem der Landwirtschaft. Untenende: Das Untenende bildet das Zentrum der Stadt, hier befinden sich fast alle wichtigen öffentlichen Einrichtungen, die meisten Einkaufsmöglichkeiten und kulturellen Angebote. Obenende: Das Obenende ist vorwiegend ein großes Wohngebiet und bietet Historisches der Kanalstadt. Seit der Baudock- und Werksgeländeerweiterung der Meyer Werft und der Verlegung des Autobahnzubringers etwa 2002–2008 zählt das ehemals Bokeler Gebiet nun zum Untenende. Davor waren auch Oben- und Untenende keine offiziellen Ortsteile und in Karten nicht durch eine Grenze gekennzeichnet.
Papenburg ist Deutschlands älteste und längste Fehn-Kolonie. Kanäle prägen das Stadtbild in Papenburg am Oben- und Untenende und waren lange Zeit die Hauptentwicklungsachsen. Das Netz aus Kanälen reicht vom Hafen an der Ems (Untenende) bis zum Küstenkanal im Südosten (Obenende) und hat eine Gesamtlänge von ca. 40 km bei einer Längsausdehnung von ca. 14 km. Ursprünglich wurden die Kanäle angelegt, um das Moor zu entwässern um daraufhin den Torf abbauen zu können und als Brennstoff nutzbar bzw. verkaufsfähig zu machen. Alsbald wurden die Kanäle als effiziente Abtransportwege entdeckt, woraufhin Dutzende Holzschiffswerften entstanden, die Lastkähne bauten, welche zunächst von Menschenhand und später mehr und mehr von Pferden über die Wasserstraßen getreidelt wurden. In einigen Kanälen liegen, fest verankert, Nachbauten alter Schiffe – vom einfachen Kahn bis zur großen Brigg –, die an diese Zeit erinnern. Die zu den Kanälen meist beidseitig parallel verlaufenden Straßen heißen etwa „Erste Wiek links“ oder „Umländerwiek rechts“, wobei „links“ und „rechts“ vom damaligen Standort der Papenborg gesehen wird – dem Ursprung der Stadt Papenburg am Nordwestende des Untenendes, dem heutigen „alten“ Hafen. Das Wort Wiek bedeutet so viel wie „Weiche“ im Sinne von Abbiegung oder Abzweigung. Einige ehemalige Kanäle, wie etwa der „Osterkanal“ oder der „Gasthauskanal“, sind noch am Straßennamen zu erkennen.
Das Klima in Papenburg wird durch die mitteleuropäische Westwindzone geprägt. Nach der Klimaklassifikation von Köppen befindet sich Papenburg in der Einteilung C (Warm-Gemäßigtes Klima). Das durchschnittliche Jahrestemperaturmittel liegt bei 8,7 °C. Die wärmsten Monate sind Juli und August mit einem Monatstemperaturmittel von mehr als 16 °C. Der kälteste Monat ist der Januar mit 1,2 °C im Durchschnitt. Die Niederschlagsmenge innerhalb eines Jahres liegt in Papenburg bei 757 mm. Der regenreichste Monat ist der November mit 77 mm, der regenärmste Monat ist der Februar mit 41 mm. Im Jahr scheint in Papenburg die Sonne insgesamt 1372 Stunden. Die größte Chance auf Sonne bieten der Mai, der Juli und der August. In diesen Monaten gibt es 186 Stunden Sonnenschein. Im Januar und im Dezember hingegen scheint die Sonne nur jeweils 31 Stunden.
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